Menghadapi diberlakukannya Undang-Undang No. 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah pada 1 Januari 2001 berbagai upaya untuk mengidentifikasi kewenangan pengelolaan lingkungan hidup terus bergulir. Melalui dialog, diskusi dengan berbagai pihak terus dilakukan oleh Kantor Meneg LH dan Bapedal. Salah satunya, pada tanggal 20 Desember 2000, Meneg LH/Kepala Bapedal mengadakan diskusi tentang pengelolaan lingkungan dalam otonomi daerah dengan lembaga swadaya masyarakat, pers dan pemerintah daerah (DKI Jakarta) serta Dewan Pertimbangan Otonomi Daerah (DPOD).

Mengawali diskusi Meneg LH/Kepala Bapedal menyampaikan, bahwa menghadapi diberlakukannya otonomi daerah, telah dilakukan serangkaian persiapan antara lain dialog dengan pemerintah daerah guna memperkuat aspek kelembagaan lingkungan hidup daerah dan menyiapkan serangkaian training.

Disampaikan pula, saat ini telah disiapkan tujuh program prioritas yang akan ditawarkan kepada pemerintah daerah dalam pengelolaan lingkungan hidup. Ketujuh program ini merupakan program yang telah ada yang disesuaikan dengan era otonomi daerah. Kepada Presiden diusulkan agar dalam pidato akhir tahunnya disampaikan pula akan pentingnya perhatian terhadap sumber daya alam dan lingkungan hidup disamping peningkatan ekonomi.

Hal penting lain disampaikan oleh Menteri bahwa otonomi daerah bukan hanya era pelimpahan kewenangan tetapi juga era civil society, masyarakat madani. Poros ini harus makin kuat mengontrol pemerintah baik pusat maupun daerah. Masyarakat madani juga bisa membantu pemerintah daerah agar aspek lingkungan hidup diperhatikan dan mendorong membangun good environmental governance sehingga otonomi daerah bukan merupakan malapetaka akan tetapi menjadi tujuan bersama. Dalam jangka panjang, 4-5 tahun yang akan datang, masyarakat madani dapat berperan membantu partai politik agar mempunyai visi lingkungan.

Dalam masalah kelembagaan, Meneg LH telah berdiskusi dengan Mendagri dan Otda serta Meneg PAN dan sepakat bahwa Bapedalda Propinsi tetap dipertahankan. Mengenai status Bapedal Regional untuk dipertahankan, 90% disetujui dengan tanpa batas waktu. Sedangkan status Bapedalda Kabupaten/Kota juga tetap dipertahankan bahkan ada signal pembentukan Bapedalda yang belum ada terutama untuk daerah dengan masalah lingkungan tinggi.

Dalam kesempatan ini Deputi I menambahkan berbagai kegiatan yang telah dilaksanakan dalam menghadapi otonomi daerah yaitu:

1. Menyusun secara rinci kewenangan lingkungan hidup melalui dialog, konsultasi dengan berbagai pihak;

2. Merestrukturisasi organisasi Kantor Meneg LH dan Bapedal untuk merespon otonomi daerah. Dalam struktur organisasi ini, Bapedal Regional tetap dipertahankan, Bapedalda Propinsi sebanyak 27 dipertahankan dan memfasilitasi pembentukan Bapedalda Propinsi lain serta 163 Bapedalda Kabupaten/Kota.

3. Melakukan penataan sarana dan prasarana: desentralisasi peralatan laboratorium lingkungan dan instrumen pemantau mutu udara di 10 kota, dalam pendanaan: menghidupkan fasilitas Inpres Pedal menjadi dana alokasi khusus dan memfasilitasi bantuan asing kepada kabupaten/kota.

Beberapa masukan penting dalam dialog antara lain Bapak Syahrir dari DPOD menyampaikan dalam pelimpahan kewenangan ke daerah sebagaimana dicantumkan dalam Pasal 8 Undang-Undang No. 22 Tahun 1999 disertai dengan SDM, sarana, prasarana dan pembeayaan karena tujuan otonomi daerah adalah empowering daerah. Menghadapi masalah lingkungan hidup dalam otonomi daerah, pers perlu mengambil bagian dalam masyarakat madani. Pers bisa memberikan pendidikan masalah lingkungan, menyuarakan eksekutif dan mengarahkan ke hal-hal yang positif.

Menurut Pak Ismid dari Kehati menyampaikan untuk memudahkan masyarakat madani berperanserta diusulkan agar Kantor Meneg LH/Bapedal membuat peta daerah rawan lingkungan. Sedangkan masukan dari AMAN (Aliansi Masyarakat Adat Nasional) menyampaikan sebenarnya pemerintah pusat belum jujur dalam pemberian otonomi kepada daerah karena masih banyak peraturan di pusat yang masih kuat.